Todo fluxo de pagamento é on-line.  No ato da compra, o cliente paga o frete dentro do site com cartão de crédito ou Pix. O valor vai diretamente para a conta da transportadora. Ou seja, você não terá dinheiro circulando no seu caixa. 

Não cobre novamente o frete do cliente!

A etiqueta de identificação só é liberada mediante autorização de pagamento. Por isso é importante conferir a etiqueta nas embalagens e o pedido no sistema, através do seu dashboard. Tendo esses dois itens checados, significa que o pagamento está completo e que você não terá que cobrar nada do cliente.

Para efeito de emissão do CTe, o tomador do frete é sempre a Balcão Balcão.

Quanto ao seu comissionamento, nada altera. Você continua recebendo da mesma forma que é hoje, conforme seu acordo com a transportadora.